Poprvé se listinně připomíná v roce 1400. Od počátku byl Putkov spolu s Račovem a Žírcem součástí volyňského panství, v jehož rámci zůstal až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848–1849.
V roce 1869 se Putkov stal osadou politické obce Račov.
V roce 1931 se Putkov osamostatnil a stal se politickou obcí.
V roce 1964 byly sloučeny obce Masákova Lhota (včetně Nového Dvora), Putkov, Račov (včetně Žírce) a Zdíkov do obce Zdíkov.
V roce 1980 byla obec Zdíkov (včetně osad Masákova Lhota, Nový Dvůr, Putkov, Račov a Žírec) sloučena s obcí Zdíkovec (včetně osad Branišov a Hodonín). Zdíkov se stal střediskovou obcí.