Zpočátku byla osada (nazývaná také Zadní Lhota) součástí Masákovy Lhoty. Poprvé se listinně připomíná po roce 1770. V katastru Nového Dvora se nacházejí i osady Albrechtec a Lesní Chalupy.
Od počátku byl budoucí Nový Dvůr (v rámci Masákovy Lhoty) spolu se Zdíkovem součástí vimperského panství.
V roce 1547 se budoucí Nový Dvůr (stále v rámci Masákovy Lhoty) stal součástí velkozdíkovského panství, a to až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848–1849.
Ve druhé polovině 19. století se Nový Dvůr stal jako součást Masákovy Lhoty osadou politické obce Zdíkov.
V roce 1931 se Nový Dvůr stal osadou nově osamostatněné politické obce Masákova Lhota.
V roce 1960 byla osada Lesní Chalupy (do té doby v rámci Nového Dvora) administrativně přičleněna k obci Stachy.
V roce 1964 byly sloučeny obce Masákova Lhota (včetně Nového Dvora), Putkov, Račov (včetně Žírce) a Zdíkov do obce Zdíkov.
V roce 1980 byla obec Zdíkov (včetně osad Masákova Lhota, Nový Dvůr, Putkov, Račov a Žírec) sloučena s obcí Zdíkovec (včetně osad Branišov a Hodonín).Zdíkov se stal střediskovou obcí. Viz též Zdíkovsko.
/>
Významné osobnosti
František Šustr (* 1843 Nový Dvůr; † 3. 9. 1907 Vídeň).
Stavitel působící převážně ve Vídni. Za svou činnost obdržel papežský řád. František Kahuda (* 3. 1. 1911 Nový Dvůr; † 12. 2. 1987 Praha).
Fyzik, pedagog a politik (v letech 1954–1963 ministrem školství); výzkumník v oblasti psychotroniky.